深圳市新华医院普通外科依托北京大学深圳医院普通外科同质化运营管理。北京大学深圳医院普通外科是广东省临床重点。

市新华医院开业初期，普通外科设置胃肠外科和肝胆胰外科两个亚专科，由北京大学深圳医院重点学科胃肠外科和肝胆胰外科支持建设，开设专家门诊，并由北京大学深圳医院专家坐诊，医生团队由12名主任医师、6名副主任医师等组成。

市新华医院胃肠外科专业覆盖全部胃肠外科大病病种及全部普外科急诊疾病，包括胃肠道肿瘤、代谢性疾病、肛肠疾病、疝与腹壁疾病、急腹症等；肝胆胰外科专业覆盖肝胆胰肿瘤，胆石症及胆囊息肉，腹壁疝等肝胆胰外科全部疑难病种，是保障深圳及周边地区人民外科健康的关键医疗力量。

依托北大深圳医院普通外科的实力，未来市新华医院普通外科在承担本院全部普外科急诊诊疗及常规外科手术的基础上，根据自身优势和学科特性，发展6大优势专业治疗组：1、肿瘤加速康复外科专业组；2、肿瘤综合治疗专业组；3、减重代谢外科专业组；4、外科日间诊疗病房；5、胆石症微创治疗中心；6、晚期肿瘤转化治疗。努力为患者提供全面优质医疗服务。