深圳市新华医院药学部主要负责医院药事管理、‌药品供应管理、‌药品处方调剂、‌药物临床试验、‌药学信息化、‌药学科研创新、‌药学科普宣传等工作，并与北大深圳医院药学部实行一体化管理。

北京大学深圳医院药学部是国家临床药师培训基地、国家合理用药示范基地、国家药物临床试验机构、深圳大学、贵州医科大学临床药学专业教学基地、深圳市医学会药事管理与临床药学主委单位、深圳市药学会老年药学主委单位、深圳市药学会药事管理主委单位、深圳市医防融合社区用药项目牵头单位。

未来，依托北大深圳医院药学部，市新华医院药学部将搭建临床药学服务平台，为全院临床科室提供多元化的药学服务：药学会诊、MDT会诊、疑难病例讨论、医师药师联合门诊、药学门诊、患者用药教育、个体化药物精准治疗、临床合理用药管控等。不断创新性药学服务模式，开展社区药学服务、合理用药科普创作与传播、人工智能药学、药学互联网+等。并大力推进药物创新研究活动和各类疾病的新药临床研究。

依托北大深圳医院智慧医院优势，市新华医院药学部也将逐步建立智能链统一验收平台、电子标签系统和智能毒麻药品管理系统，实现药品智能验收入库、在库管理和毒麻药品批号追溯管理。借助现代化物流技术、合理用药管理信息技术、智能配药、发药、药柜等自动化设备，实现全院级药品全闭环管理，保障药品质量和患者用药安全。